Sekolah Menengah Kebangsaan Tunku Putra, Batu Pahat telah dibina pada tahun 1967 dengan perbelanjaan atau kos berjumlah RM 36 000.00 dan beroperasi pada 1 Mei 1969. Sekolah ini terletak 12 kilometer dari Bandar Batu Pahat (Penggaram). Dahulunya sekolah ini dikenali sebagai Sekolah Menengah Kebangsaan Tongkang Pechah sebelum penukarannya kepada nama baru Sekolah Menengah Kebangsaan Tunku Putra pada 1 Januari 2006.

​

          Penubuhan sekolah ini adalah atas desakan penduduk Kampung Seri Medan yang mahukan sekolah menengah di kawasannya kerana sebelum ini tidak terdapat sekolah menengah di kawasan ini. Beberapa tokoh tempatan telah berusaha ke arah penubuhannya khasnya Tun Dr.Awang Bin Hassan (Wakil Parlimen Muar Selatan), Dato’ Haji Mohd Noor Bin Jumaat (Penghulu Mukim IV) , dan Syed Esa Bin Syed Alwi (Wakil Parlimen Batu Pahat.)

Tapak pembinaan sekolah menengah ini yang luasnya 22 ekar telah dibeli daripada seorang peniaga Cina bernama Tan Ya berhampiran persimpangan ke Seri Medan dan Parit Sulong. Nama sekolah diberi berasaskan tongkang yang sarat membawa muatan bijih timah dari Jambi, Sumatera telah pecah di kuala sungai dan kemudiannya dikenali sebagai Sungai Tongkang Pechah.

​

          Bangunan terawal mengandungi 12 bilik darjah, bilik Ekonomi Rumah Tangga (ERT), Pejabat Pentadbiran, dan bilik guru. Bilangan murid ketika itu ialah 169 orang yang berasal dari kawasan sekitar Pekan Tongkang Pechah, Kampung Parit Lahak, Kampung Parit Ju, Kampung Parit Belemam, Kampung Bindu, dan Kampung Mohd Noor. Pada tahun 1974, SMK Tongkang Pechah mendapat sebuah bangunan tambahan pada tahun 1988 pula mendapat dua buah bangunan tambahan lagi. Pada tahun 1995, persekolahan dilaksanakan dalam dua sesi kerana jumlah pelajarnya yang terus meningkat. Pada tahun 2000, sekolah ini telah dinaikkan taraf dengan bermulanya Tingkatan Enam aliran sains dan juga aliran kemanusiaan. Pada peringkat ini jumlah pelajar Tingkatan 6 adalah seramai 41 orang.

​

          Sekarang, Sekolah Menengah Kebangsaan Tunku Putra mempunyai 113 tenaga pendidik, 15 anggota kakitangan pelaksana , 14 orang pekerja pembersihan swasta dan 4 orang pegawai keselamatan swasta. Bilangan murid kini berjumlah 1467 orang.

         

         SMK Tunku Putra, telah diterajui oleh beberapa orang pengetua yang berpengalaman dan berwibawa iaitu:

​